ในการจัดตั้ง “สถาบันวิจัยระบบพลังงาน มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์” เพื่อสนองตอบต่อความต้องการของประเทศนั้น มหาวิทยาลัยฯ มีแนวคิดในการจัดตั้งขึ้นเพื่อดำเนินการในเรื่องการวิจัยและพัฒนาด้านพลังงาน การถ่ายทอดเทคโนโลยี องค์ความรู้ การผลิตบัณฑิตศึกษา รวมถึงการสร้างเครือข่ายความร่วมมือกับหน่วยงานในการเชื่อมโยงกับชุมชน ภาครัฐ เอกชน และภาคอุตสาหกรรม โดยการสร้างศักยภาพการวิจัยด้านพลังงานของมหาวิทยาลัยให้มีความเข้มแข็ง สามารถผลิตผลงานวิจัยได้อย่างต่อเนื่อง และสามารถที่จะนำผลงานเหล่านั้นไปสู่การใช้ประโยชน์ได้อย่างเป็นรูปธรรม ซึ่งจะนำไปสู่ร่วมมือแบบบูรณการกับหน่วยงานทั้งภาครัฐและเอกชนในการพัฒนาทางความมั่นคงด้านพลังงานของประเทศได้ในระยะยาว เป็นแหล่งเรียนรู้ของชุมชน และจะนำไปสู่การยกระดับคุณภาพชีวิตของประชาชนในพื้นที่ในด้านเศรษฐกิจและสังคม
ศึกษาวิจัยด้านพลังงานที่เหมาะสมสำหรับภาคใต้และประเทศไทย สร้างผลงานวิชาการที่สามารถนำไปใช้ประโยชน์ได้อย่างเป็นรูปธรรม และพัฒนาหน่วยงานด้านวิชาการในพื้นที่เพื่อรองรับนโยบายสนับสนุนด้านการอนุรักษ์พลังงาน ผลิตพืชพลังงาน/ชีวมวล การผลิตและแปรรูปพลังงาน รวมถึงการใช้พลังงาน เพื่อการจัดการพลังงานของประเทศอย่างยั่งยืน